面对外国资本主义势力的侵略，中国人民进行了坚决的反抗，主要表现之一是遍及全国、延续时间很久的自发的反洋教斗争。这种斗争具有广泛的社会基础和号召力。当时，不少外国传教士深入中国内地，修建教堂，招收教徒，且有些教士、教徒利用特权，横行不法，鱼肉百姓，引起人民的忿慨和反抗。一些官吏、地主和知识分子也纷纷参加，致使斗争变得极为复杂。世纪下半叶，各地的反教会斗争连绵不绝，其中较大的有同治年间的贵州教案、四川酉阳教案、天津教案、光绪初年长江下游各地的教案、中法战争期间西南地区的教案以及甲午战争前四川余栋臣、热河金丹道发动的斗争。越到后来，规模越大，反洋教斗争和反清斗争逐渐有结合的趋势。秘密结社的参加，武装起义的频繁，成为世纪末反洋教斗争的特色。

中法战争、中日战争继两次鸦片战争之后，帝国主义又对中国发动了一系列侵略战争。有光绪十年（）的中法战争，二十年的中日战争，二十六年的八国联军入侵。

法国一直觊觎中国的西南边疆，企图以越南为跳板侵入中国的广西、云南。当法国侵占越南的许多地方、强迫越南签订不平等条约时，越南国王遣使向清政府求援。光绪八年至十年，清政府一方面做出援越姿态，一方面寄希望于通过谈判解决问题，致使中国军队处于被动挨打的地位。光绪十年七月初三（年月日），泊于马尾的中国福建舰队遭法舰袭击，十一艘军舰在很短的时间内全部被击沉，官兵伤亡达七百余人，因而花费了大量金钱和时间所建立的福建海军，被清朝的妥协政策所葬送。至此，清政府不得已才下诏宣战。中国军队在台湾、镇海等地遏制了法国的海路进攻。

光绪十一年二月初，清军在广西边境要隘镇南关（今友谊关）前和法国侵略军展开了激战，击毙法军一千多人，法军全线崩溃。清军挥师追击，攻下谅山、文渊，法军纷纷向南逃窜。镇南关大捷引起了巴黎的政潮，法国茹费理内阁因侵略战争失败而倒台。但在前线大捷、中国军队正在战场上胜利推进时，清政府竟宣布停战缔约，授权李鸿章签订和约，承认法国占领越南，在广西、云南边界开辟商埠，并规定中国以后在此修建铁路时向法国商办，为法国侵略中国的西南地区打开了门户。

日本在明治维新以后不久，即侵略中国，曾一度入侵台湾。又把侵略的矛头指向朝鲜，强迫朝鲜政府签订不平等条约，旨在以朝鲜作跳板，入侵中国。

光绪二十年（）朝鲜发生东学党起义，清政府应朝鲜国王的请求，派兵帮助镇压。日本乘此机会，动员海陆军开到朝鲜，并不宣而战，在海上和陆路向中国军队大举进攻。清政府被迫于光绪二十年七月初一（年月日）下诏宣战。清军在平壤集结，设防据守。日军分四路进攻，清将左宝贵率部力战，英勇牺牲，但其他将领却不战而逃，退过了鸭绿江。日军乘胜侵入中国的东北，进占安东（今辽宁丹东）、九连城、长甸、宽甸、金州、大连、旅顺等地。日本舰队又在鸭绿江大东沟外的黄海海面袭击中国舰队，双方激战达五小时之久。中国海军官兵英勇奋战，邓世昌、林永升等以身殉国。战斗结果，中国失利，日本海军亦受重创。此后，李鸿章命令北洋海军躲藏在威海卫军港内不许出战，造成束手待毙的局面。日本陆军在山东半岛登陆，威海卫陷入包围之中。日军从海面和陆地开炮轰击，中国海军陷入绝境，水师提督丁汝昌自杀。在此战中，北洋海军全军覆没。

战争进行中，慈禧太后和李鸿章始终抱妥协的方针，乞求日本谈判。日方不允。战争即将结束时，在日本的军事压力下，李鸿章以全权代表的身份赴日接受投降条件，签订了《马关条约》。条约规定割让辽东半岛和台湾给日本，赔款银二亿两，允许外国人在中国开设工厂等。

列强瓜分中国的危机《马关条约》签订后，形成了帝国主义瓜分中国的危机。邓世昌旧照《马关条约》中的条款之一是把辽东半岛割让给日本，这引起了视中国东北为其禁脔的沙俄的强烈不满。俄国纠集了法国、德国，要求日本放弃对辽东半岛的领土要求，否则将“采取共同的军事行动”。日本无力对抗，决定对俄让步，把辽东半岛归还中国，但索取赎地银三千万两。三国干涉还辽加剧了帝国主义在中国的矛盾和争夺。俄国与英国是当时争霸中国的主要力量，并且因俄国“还辽”有功，清政府对之感恩戴德。光绪二十二年（），俄国沙皇加冕典礼，清政府派李鸿章为特使，赴俄参加庆典，与俄国签订了《中俄密约》。该约在共同防御日本的幌子下，允许西伯利亚铁路通过中国境内以达海参崴，俄国有在沿线开矿建厂、设置警察的权利。

《马关条约》的另一条款是赔偿银二亿两，并加上赎辽费三千万两。清政府每年财政收入仅八千万两，自然无力偿付，只得向帝国主义借债赔款。英国和俄国为取得贷款的权利而展开激烈争夺。结果，俄国联合法国取得第一次贷款权，英国联合德国取得第二次和第三次贷款权。三次贷款总额折合银三亿两，利息重，回扣高，并以关税、盐厘作抵押担保。此后，清政府经常借贷度日，以各种主权作抵押。借款大多用于偿付赔款、购买军火、财政开支及修筑铁路。到清朝末年，债台高筑，借款总数达银十二亿两。